Os eixos discutidos foram: Direito à Saúde, Garantia de Acesso e Atenção de Qualidade; Participação e Controle Social; Valorização do Trabalho e da Educação em Saúde; Financiamento do SUS e Relação Público-Privado; Gestão do SUS e Modelos de Atenção à Saúde; Informação, Educação e Políticas do SUS e Ciência, Tecnologia e Inovação do SUS. Vale lembrar que estes serão os mesmo temas da etapa nacional, que acontecerá em Brasilia, de 01 a 04 de dezembro.
Foram 2128 propostas oriundas das Conferências Municipais, divididas entre nacionais e estaduais. Estas propostas foram trabalhadas por um grupo de relatores coordenados pela conselheira estadual Solange Belchior.
Na Conferência estas propostas foram trabalhadas e sistematizadas por 21 grupos. Cada grupo trabalhou três temas dos sete eixos temáticos, que finalmente foram aprovados na plenária final da Conferência, que aconteceu no domingo, 04/10.
