O Conselho Estadual de Saúde do Rio de Janeiro é organizado em Colegiado Pleno, Comissão Executiva, Secretaria e Comissões Técnicas Permanentes e Provisórias.

Colegiado Pleno:

É o órgão máximo de deliberação do CES/RJ. Poderá constituir Assessorias Técnicas, tendo por finalidade atender as necessidades para seu bom funcionamento. A constituição das Assessorias Técnicas será estabelecida em resolução.

Comissão Executiva:

É composta por 08 (oito) membros, eleitos pelo Colegiado Pleno, que também pode substituir quaisquer mebros da Comissão Executiva. Sua função, entre outras, é a de elaborar a proposta orçamentária do CES-RJ, assessorar o Plenário na definição de competências deste Conselho conforme legislação vigente, distribuir às Comissões Permanentes, segundo suas competências, os assuntos a serem objeto de deliberação, registrar e fiscalizar os bens patrimoniais.

Secretaria:

É a unidade de apoio administrativo e técnico do Colegiado Pleno e da Comissão Executiva. Terá um coordenador administrativo e um corpo técnico e administrativo. Funcionários estes, indicados pelo Secretario de Estado de Saúde. O coordenador administrativo deve, entre outras funções, providenciar o registro em Atas das reuniões do Plenário, providenciar a publicação das Resoluções do CES-RJ no Diário Oficial do Estado, executar os serviços administrativos do CES-RJ, providenciar a atualização de dados e providenciar a expedição dos documentos pessoais de identidade dos Conselheiros, exercer outras funções correlatas que sejam atribuídas pela Comissão Executiva ou pelo Plenário.

Comissões Temáticas:

Desenvolverá atividades, permanentes ou provisórias e serão presididas por um conselheiro.