A Secretaria-Executiva do CES-RJ é um órgão vinculado ao Gabinete do Secretário de Estado de Saúde com a finalidade de fornecer as condições necessárias para o cumprimento das competências do CES. Cabe à Secretaria dar todo o suporte técnico-administrativo para as atribuições do Conselho Estadual de Saúde, às suas Comissões e Grupos de Trabalho.

Também está entre as atribuições da Secretaria-Executiva o encaminhamento das demandas ao Conselho Nacional e aos Conselhos Municipais de Saúde após deliberação do Pleno, acompanhar, assessorar e participar da execução e do mapeamento do recolhimento de dados e análises estratégicas formuladas pelos órgãos conveniados, organizar o processo eleitoral do CES e participar da organização da Conferência Estadual de Saúde e das Conferências Temáticas, entre outras.

A Secretária Executiva do Conselho Estadual de Saúde é Eliane Theodoro Ferreira.